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1、首先，乙腈價格高
乙腈，特別是HPLC級的價格很高，但是，文獻或LC廠家所示的條件，多用乙腈，這是為什么呢？現就此談談。
2、吸光度
乙腈HPLC級的小。乙腈和甲醇的市銷HPLC級和優級的吸收光譜中，乙腈HPLC吸收zui小（特別是在短波長上小）。所謂HPLC級是除去具有吸收UV的雜質，在規定的波長上吸光度限制在規格值以內。在UV檢測時，產生的噪聲小，因此在進行UV短波長上的高靈敏度分析時乙腈HPLC級zui適宜。另外，在UV檢測中的梯度基線上也是乙腈HPLC級產生鬼峰少，雖然，其他與水相溶性高的有機溶劑有各種各樣，但很難能找到比乙腈HPLC級吸收更小的。另外，甲醇的HPLC級和優級，雖然所得的光譜相差不大，但是優級不能保證吸光度，有可能產生偏差，價格也相差不大，所以盡量使用HPLC級。
3、壓力
乙腈低，柱內承受的壓力，根據有機溶劑的種類或混合比率的不同而異，水/乙腈，水/甲醇混合液的比率與輸液壓力的關系中，甲醇與水混合，壓力增高，而乙腈同樣與水混合且并不如此。所以，乙腈一方，在同樣的流速下不在柱內加上多余的壓力。從上述兩項，可以確認使用乙腈的意義，那么，甲醇除了價格以外，還有沒有其化優點呢？
4、洗脫能力
一般而言，乙腈較強。乙腈和甲醇分別用同樣的比率與水混合時，一般情況下，乙腈的洗脫能力強。特別是混合比率低時，從咖啡因和苯酚的洗脫來看，獲得同樣的保留時間，乙腈的比率，只需甲醇的比率的一半以下即可。另一方面，有機溶劑100%或與此極接近時，從胡蘿卜素和膽甾醇來看，常常都是甲醇的洗脫能力強。混合比在50比1等較為特殊時，調制的誤差大，影響保留時間，或平衡化的時間長，乙腈遇到這種情況時，用甲醇的10比1混合代替乙腈，這樣操作方便些。溶劑受溫度影響時，不采用容器定量，而采用重量的方法（考慮比重），可使混合比的誤差減小。
5、分離（洗脫）的選擇性
兩者的差異，乙腈和甲醇在分離的選擇性上不同。由于有機溶劑分子的化學性質（甲醇和乙醇是質子性，乙腈和*是非質子性）不同所致。因此，在用乙腈類不能獲得分離的選擇性，就試用甲醇類看看。
6、峰形
用時出現差異。像水楊酸化合物（在鄰位上具有羧基或甲氧基的苯酚化合物）等，用乙腈類時拖尾大，用甲醇類可抑制。可是，一般情況下，聚合物類反相柱，與硅膠柱相比，更具有峰形寬的傾向，特別是用聚苯乙烯分析柱芳香族化合物等時常見。這在流動相是甲醇時非常顯著，而用乙腈時不明顯。為此，用聚合物類反相用柱時建議采用后者（乙腈類），這是因為乙腈使凝膠膨潤。
7、流動相的脫氣，乙腈類要注意
混合溶劑的置制，不說在LC裝置內，只談預先在流動相瓶內進行時，（等濃度系統）。甲醇與水混合時發熱，多余的溶解空氣較易變為脫出氣泡（脫氣容易）。而乙腈由于吸熱冷卻，隨著慢慢回到室溫，產生氣泡，所以要考慮脫氣（加溫攪拌，過濾膜，He脫氣等）。
8、結論
以上反相色譜法流動相常用的乙腈和甲醇進行了比較。粗略地講是，使用乙腈HPLC級，在選擇性，峰形差時試用甲醇HPLC，但根據各種不用性質設計分析條件也是必要的。
